嗜酸细胞性胃肠炎好发于胃窦部，但回盲部也常受累，故应与克隆病相鉴别。嗜酸细胞性胃肠炎累及肠道时，可引起肠壁的增厚、僵硬甚至梗阻（性或不性的肠梗阻）；可见到脐局阵发性痉挛样疼痛、腹泻、腹胀或便血，但一般同时还有上腹痛、呕吐等胃部症状；因其与变态反应有关，化验外周血中嗜酸细胞明显增高，血沉块。克隆病以肠道症状为主，一般无上腹部症状，外周血中的嗜酸细胞数目不会明显增高，这一点可以鉴别。另外，克隆病反反复作，预后较差，而嗜酸细胞性胃肠炎虽可反反复作，但预后良好，此点也有鉴别意义。